Aos 61 anos, Marcelo Fernandes de Aquino é natural de Florianópolis e ingressou na Unisinos em 1998, como professor do Programa de Pós-Graduação em Comunicação. Em 2001, tornou-se a coordenador do Programa de Pós-Graduação em Filosofia. Em 2002, tornou-se vice-reitor e, em 2006, assumiu o comando da universidade.
Além de reitor, Aquino é vice-presidente da Associação Nacional de Educação Católica do Brasil, membro conselho deliberativo da ONG Parceiros Voluntários, 1º vice-presidente do Consórcio das Universidades Comunitárias Gaúchas, suplente diretor região Sul do Conselho de Reitores das Universidades Brasileiras, membro do conselho superior da Associação Qualidade RS (PGQP), membro do conselho diretor do Universia Brasil, membro do conselho científico da revista da Universidade Católica de Portugal e da revista Síntese, além de editor associado da revista Kriterion e professor titular da Universidade do Vale do Rio dos Sinos.
Em suas mãos, a Unisinos foi considerada a melhor universidade particular da região Sul, pelo segundo ano consecutivo (2008 e 2009), concentrando cerca de 25 mil alunos em 60 cursos de graduação, um de formação específica e 19 programas de Pós-Graduação. O quadro de pessoal é formado por cerca de 900 professores - dos quais mais de 86% são mestres, doutores e pós-doutores -, além de mais de 900 funcionários.
Nos próximos quatro anos, Padre Marcelo, como é chamado por todos na universidade, continuará focando seu trabalho em questões como inovação tecnológica, empreendedorismo e renovação pedagógica. Ao lado de José Ivo Follmann, 62 anos, natural de Cerro Largo, ainda serão trabalhadas questões como diversidade religiosa, transdisciplinaridade, diálogo inter-religioso e políticas sociais. Follmann assumiu a vice-reitoria em dezembro de 2007 e também é diretor de Ação Social da Unisinos, além de diretor de Assistência Social da Associação Antônio Vieira (ASAV). É professor titular da casa, atuando no Programa de Pós-Graduação em Ciências Sociais.
Na cerimônia do dia 4 de janeiro, Pedro Gilberto Gomes será confirmado como pró-reitor Acadêmico e Carlos Alberto Cruz como chefe de Gabinete. Os diretores das Unidades Acadêmicas seguem: Gustavo Severo de Borba (Graduação) e Alsones Balestrin (Pesquisa e Pós-Graduação), além de Zanini como novo diretor de Educação Continuada.
As Unidades de Apoio continuam dirigidas por Vanderlei Langoni de Sousa (Recursos Humanos), Marcos Sebastião Baum (Administração e Finanças) e Rogério Delanhesi (Marketing).